La force de la marine a notamment pour mission de :
- exécuter les directives de l’EMG en matière de la marine ;
- exécuter les orientations du C/FDNB en matière de la marine ;
- défendre les eaux territoriales du Burundi ;
- protéger les usagers des lacs ainsi que leurs moyens navigants ;
- planifier et mener les opérations de contre piraterie ;
- appuyer la Force Terrestre de la FDNB et/ou participer dans le transport des troupes et des équipements ;
- participer dans les opérations de recherche et de sauvetage et autres opérations humanitaires ;
- former le personnel de la Marine ;
- participer à la protection de l’environnement lacustre ;
- participer à la lutte contre le trafic lacustre illégal ;
- participer dans la sureté et sécurité portuaires ;
- assurer les missions de transport lacustre.
