En tant qu’organe du Gouvernement, le MDNAC a pour mission de Concevoir et Exécuter la politique nationale de défense. Plus spécifiquement, il s’agit de défendre l’intégrité du territoire national, protéger la population dans son intégrité physique et dans ses biens en collaboration avec les autres acteurs de la sécurité. Le MDNAC veille au renforcement des capacités opérationnelles et institutionnelles de la Force de Défense Nationale du Burundi(FDNB) et au respect des engagements internationaux ».